Execução de programas ao final da instalação ou desinstalação
Comum em muitos programas de instalação, pode ser útil rodar programas no final da instalação ou antes da desinstalação. Para isso existem as seções [Run] e [UninstallRun]. A sintaxe básica delas não têm segredo, e compartilham muitas propriedades. A Run roda programas ao final da instalação, antes de concluí-la, e a UninstallRun, antes da desinstalação começar.
Um exemplo:
[Run]
Filename: {app}Programa.exe; Parameters: /teste; StatusMsg: "Testando o programa"
A mensagem no StatusMsg é opcional, e pode ser declarada para aparecer durante a instalação, enquanto o instalador termina. Se nada for informado, ficará a mensagem padrão "Concluindo instalação". Com as flags você pode configurar diversas coisas, como ocultar a janela do instalador ao rodar o comando, rodar o comando oculto (não faça isso para programas que exijam interação do usuário, senão o instalador vai ficar parado e o programa não seria mostrado :p), etc.
São vários os parâmetros, há uma lista na ajuda que comentei, do Mep Installer:
http://www.mephost.com/software/help/mpist14/secao_run.htm
Antes da desinstalação é a mesma coisa, use apenas dentro da [UninstallRun].
boa sorte