Olá,
eu uso 3 softwares para gerar o setup.
Primeiro eu gero o Package pelo VB mesmo.
Após isso, uso o Mcunha InnoSetup Converor, que pega o setup.lst e converte no formato do IStool.
Após convertido, abro o IStool e abro o arquivo convertido.
O Istool usa como compilador o Innosetup.
Dentro das configurações você tem as opções de que em que pasta vai criar etc.
Até mais,
Badi