Começe estudando sobre protocolos de rede...
Depois, pesquisa sobre Winsock e outros controles que permitem comunicação na rede.
Basicamente, o que voce vai precisar é:
1) Um .exe em cada estação da rede, que será responsável por enviar informações para o servidor, e executar os comandos que o servidor solicitar.
2) Um .exe no servidor que vai receber as informações das estações, e enviar solicitações para os .exe nas estações executar comandos.
3) O Controle Winsock abrira portas em todas as maquinas, de forma que a aplicação no servidor possa receber mensagens das estações.
4) O mais importante é saber que não é a aplicação no servidor que controla as maquinas. Ele simplesmente envia informações (solicitações) para as maquinas clientes. É a aplicação cliente que vai executar essas solicitações.
Esse seria um sistema basico. Pensando em segurança, seria necessário remodelas todas essas considerações... mas ainda assim é o basico pra voce começar a fazer testes...