Bem, eu tenho sistemas nessa area tambem, que inclusive tem essa troca de arquivos com o governo, + não é apenas gerar um relatorio e mandar, ja pensou eles terem que analisar relatorios de todos?
Existe um padrão que deve ser obedecidos por todos,eles tem enviam um layout de como é o arquivo e vc só precisa fazer igual.
Todo sistema se começa pelos cadastros, depois vc faz as movimentações de entradas e por ultimo de saida, após terminar essa parte parta para relatórios.
Controle de estoque desse tipo vai ter que ser por lote, pois cada lote tem uma validade diferente.
T+