Primeiro acho q vc quis dizer b.cod_cidade em vez de c.cod_cidade
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Select a.num_nff, a.cod_cliente,a.num_pri_volume,a.qtd_volumes1, b.nom_cliente, b.cod_cidade, c.den_cidade
from wfat_mestre as a ,clientes as b, cidades as c
where a.num_nff='12345'
and a.cod_cliente=b.cod_cliente
and b.cod_cidade=c.cod_cidade
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Para fazer o INNER JOIN tenta assim:
Select a.num_nff, a.cod_cliente,a.num_pri_volume,a.qtd_volumes1, b.nom_cliente, b.cod_cidade, c.den_cidade
from (wfat_mestre a INNER JOIN clientes b ON a.cod_cliente = b.cod_cliente) INNER JOIN cidades c ON b.cod_cidade = c.cod_cidade WHERE a.num_nff = '12345'
Qq problema é só postar
t+