Para chamar um programa externo no final da instalação, usa-se a seção [RUN]...
Consulta a documentação do INNO, eu nao tenho certeza da sintaxe correta...
Qto ao Inno Conversor, eu sinceramente nao gosto de "geradores" de codigo ou script... prefiro montar o script manualmente...
para diminuir o trabalho, existe uma ferramenta RAD para INNO (nao é gerador de script) chamado ISTool... é um ambiente grafico com wizards para facilitar a montagem e manutençao de scripts...