Como disse o Elli, isto vai de região por região. Vai depender de como esta o mercado.

Aqui na minha região "vende-se" o sistema, não importa se você desenvolveu do zero ou só fez algumas alterações. Cada cliente novo paga X pelo produto e mais Y pela implantação.

É lógico que tem um preço de tabela mais o valor final vai depender muito de concorrência, de o quanto aquele cliente é importante para sua carteira de clientes entre outras coisas.

Não tem como vender um sistema para uma empresa que só tenha 2 computadores pelo mesmo valor que você venderia para uma empresa que terá 15 conexões. Ou seja, vai depender do cliente também.

Empresas grandes conseguem vender o sistema por licenças ou seja você pode ter 100 micros na empresa mas se comprou só 8 licenças somente poderá ter 8 conexões ao mesmo tempo no sistema. (Todos os micros podem acessar mas só 8 por vez).

No momento da instalação e configuração cobram por hora trabalhada, o valor varia de empresa para empresa (De uns R$30 até R$ 200 por hora)

Resumindo, a qualidade do seu produto o quanto ele é conceituado na sua região e o mercado são alguns dos indicadores que vão colocar preço no seu produto.