Guilherme,
O que eu posso adiantar pra vc é que o Codigo Compilado no .Net 1.0 nao vai rodar no 1.1... é necessário abrir o projeto no ED e compilar novamente...
Qto a nao abrir o projeto (seu problema, pelo q entendi), tente desinstalar o Visual Studio junto com .Net, depois instala primeiro o .Net 1.1 e depois o Visual Studio 2003...
Qto ao .Net 2.0, se vc instalar ele vai precisar do Visual Studio 2005. Ele nao é compativel com o .Net 1.1... se vc usa o Visual Studio 2003, precisa instalar o .Net 1.1 mesmo... o 2.0 nao vai funcionar...
Mais um conselho: depois de instalar o .Net Framework, antes de instalar o Visual Studio novamente, baixa todas as atualizações do Windows Update e do Office Update... por segurança....
Flw!