Primeiro: Registre-se, é grátis!
Segundo: O MySQL trabalha com o ponto(.) como separador de decimais, o que aqui no Brasil é um pouco diferente, usamos a vírgula. Portanto com a função Replace, substitua o ponto por vírgula e formate normalmente:
format(replace(nomedocampo,".",","),"###,###,##0.00")