Se voce gerar a instalacao do seu sistema ele ja registrar e instalas todos os programas necessarios. Eu uso o Package do proprio VB mais varias pessoas ja mefalaram que o inno é melhor (voce personaliza as coisas, o pack tambem da para fazer mais o outro tem mais recursos) Uso ele porque ja estou acostumado e nao me gera grandes problemas.
Acho que fica mais a seu criterio

. De uma olhada nos dois e veja qual que voce se adapta melhor.
Aqui no forum uma pergunta dessa vai criar uma discurcao sem fim

Pois cada um tem um gosto e um jeito de programar. Mais no final é gosto e facilidade de adaptacao.