Eu não sei se tem algum componente ou uma referencia que possa fazer isto, mas acredito que deve ter sim.
Deixa eu ver se entendi:
sobre o fato do sistema ter sido instalado no windows 98 com os drivers do win XP, e ter dado problemas no win98 ao desisntalar, e você restaurar os arquivos do win98, e arrumar o win98, beleza.
Depois você fez um sistema no windows 98 e testou em outros computadoes, instalou e desistalou corretamente, sem dar erros..... ótimo.
Ai você foi instalar naquele computador que havia dado problema, e o sistema não roda.
Bem no meu ponto de vista alguns dos arquivos do sistema que havia sido feito no winXP estão no WIn98 impossibilitando o seu sistema.
Eu particularmente formataria a maquina.
Se tiver outra opção nos diga...
Se alguém souber alguma coisa??