Olá,
Primeiramente você deve criar um index para a tabela mysql, e associar ao índice o campo que você quer como autoincremento.
Depois é so alterar o campo marcando-o para autoincremento.
ALTER TABLE `tabelateste` ADD PRIMARY KEY (nomedocampoautoincremento)
ou se já existir uma chave primaria
ALTER TABLE `tabelateste` ADD INDEX nomedonovoindice (nomedocampoautoincremento)
ALTER TABLE `tabelateste` CHANGE `nomedocampoautoincremento` `nomedocampoautoincremento` INT UNSIGNED DEFAULT "0" NOT NULL AUTO_INCREMENT
[]´s
Roberto