Bem Defende, até onde eu tinha lido no help do mysql é possível sim fazer uma instalação sem confirmações por linha de comando.
No caso do myOdbc você também instala por linha de comando ou direto pela sua aplicação.
Para instalar direto pela sua aplicação vc precisa baixar o zip no site deles q contém as dll´s a serem inseridas nos seus discos de setup, e além disso vc teria de criar um código fonte dentro do seu software pra criar o alias de Odbc e suas demais configurações.
Bem não vou poder lhe masi nenhuma ajuda lém desta já não tenho ele instalado no mu pc.
Em todo caso de uma olhada com bastante calma no help do mysql que vc vai achar as informações (O help é 1/2 bagunçado mas tem muita informação útil de verdade mesmo!).
Bem em todo caso espero ter lhe ajudado... Abraços, Sidnei