Confesso que não percebi bem a sua questão, mas resumindo é assim:
- Obviamente que o sistema antigo( se não funciona com uma versão actualizada do DAO ou do ADO) não pode funcionar com uma versão do access2000;
- No entanto o novo sistema, presumo que já utilizando as novas versões do DAO(3.6) ou ADO(Jet4) lê quer as novas versões(ACCESS2000,ACCESS2002(XP) ou ACCESS2003) quer as versões 97, sem precisar de fazer qualquer conversão.
Por isso, não percebo qual é, efectivamente, o problema.
A não ser que, em vez de Visual Basic, você esteja mesmo a utilizar o access para fazer correr as aplicações, nessa altura o problema é diferente.
Se for então esclareça a questão, para podermos discutir uma solução para o problema.