Amigo,
Não entendi muito bem o que está acontecendo, mas mesmo assim vou dar minha opnião: lembre-se que usando o Form_GotFocus(), ele só será executado qdo o form receber o focu (ou cursor). Assim, se você tem algum controle no seu form que recebe foco também, sempre que tentar clicar no form, o primeiro controle vai receber o foco, e não o form propriamente. Assim, isso só vai funcionar em um form que contenha apenas controles que não permitam focus sobre eles.
Acho que pode ser isso. Acabo de fazer testes aqui, e realmente em um form limpo, apenas com lables, funciona o gotfocus, já com um textbox no form, o foco é deslocado automaticamente para o textbox, e o gotfocus dele é executado no lugar do Form_GotFocus().
Espero que isso ajude você. Se for esse mesmo o seu problema, tenta substituir a tua logica para adapta-la as limitações do VB...
Abraços,
